ב-1 באוגוסט 1997, לונה ואביה מגיעים לחתונתם של ביל וויזלי ופלר דלאקור, אשר מתקיימת במחילה - ביתם של בני משפחת וויזלי. למרות שהארי משתמש בשיקוי הפולצמי כדי למנוע מאוכלי המוות לגלות את מקום הימצאו, לונה מצליחה לזהות אותו מבלי שהשמיע את קולו.
בדומה לאביה, היא לבשה גלימה בצבע צהוב בוהק, והתאימה לה חמנייה גדולה כקישוט בשערה. בשלב כלשהו, לונה החלה לרקוד עם עצמה ברחבת הריקודים, מנופפת בידיה ומושכת תשומת לב מרובה.
באותו היום, משרד הקסמים נופל באופן סופי לידיו של הלורד וולדמורט, כך שאוכלי המוות שולטים בהוגוורטס כאשר לונה חוזרה אל שנת הלימוד השישית שלה. פרופסור סנייפ מכהן כמנהל בית הספר, בעוד שאמיקוס ואלקטרו קארו מתפקדים כפרופסורים.
בתחילת השנה, לונה, יחד עם ג'יני וויזלי ונוויל לונגבוטום, מנסים לגנוב את חרבו של גריפינדור ממשרדו של מנהל בית הספר. למרבה הצער, השלושה נתפסים על-ידי סנייפ וזה האחרון שולח אותם לעונש ביער האסור, יחד עם רובאוס האגריד. במשך השנה כולה, השלושה מובילים את צבא דמבלדור בניסיון לחבל בשליטתם של אוכלי המוות בבית הספר, זאת כדי לעזור להארי, רון והרמיוני בפעולותיהם מחוץ להוגוורטס.
כשהיא נמצאת על רכבת האקספרס להוגוורטס אשר מובילה אותה לחופשת חג המולד שלה, לונה נחטפת על-ידי אוכלי המוות שלא אהבו את תמיכתו הפומבית של אביה בהארי פוטר ובמעשיו כנגד הלורד וולדמורט.

לכידה ובריחה
למרות טענותיו של קסנופיליוס, לפיהן לונה נשלחה לאזקבאן, כל אותה העת היא למעשה מוחזקת במרתף של בני משפחת מאלפוי, יחד עם יצרן השרביטים הוותיק, אדון אולבינדר. מדבריו של אוליבנדר אנו מבינים שהשניים פיתחו אחד עם השני קשר עמוק במיוחד. לונה מהווה לאוליבנדר מקור נחמה גדול, היא מחזקת ומטפלת בו, שהרי ימיו אינם מטיבים עימו.
קסנופיליוס נואש כל-כך, עד שהוא מנסה להסגיר את הארי, רון והרמיוני לידי משרד הקסמים בתמורה לחופש של ביתו. למרבה המזל, השלושה מצליחים להינצל מידיהם של אוכלי המוות שמוזעקים אל ביתם של בני משפחת לאבגוד, זאת אודות לתכנית של הרמיוני, שמאפשרת אף את בטחונם של קסנופיליוס ושל לונה - אוכלי המוות מצליחים לראות את השלושה בחטף רגע לפני שהם מסתלקים מן המקום. עם זאת, ביתם של בני המשפחה נהרס לחלוטין כאשר קרן הארומפנט מתפוצצת במקום - אדון לאבגוד עדיין טוען שזאת קרן בלתי מזיקה לחלוטין ששייכת לשנורקק פחוס-קרן.
אחרי שנלכדו בידי קבוצה של חטפנים, למרתף האסירים שבאחוזת מאלפוי הצטרפו עד מהרה גם הארי, רון, דין תומאס וגריפהוק הגובלין. באותו הזמן, הרמיוני עונתה בחלק אחר של האחוזה על-ידי בלטריקס ליסטריינג'.
לאחר שלונה עוזרת לאסירים החדשים להשתחרר מהחבלים שקושרים את ידיהם, בקול פקיעה חזק, הופיע לו יש מאין דובי, גמדון הבית החופשי. דובי מבריח את לונה, את דין ואת אדון אוליבנדר אל בקתת הצדפות של בית ופלר, וחוזר כדי לסייע להארי, רון והרמיוני להיחלץ מן האחוזה. באותו הניסיון, מוצא גמדון הבית את מותו, ונקבר למרגלות בקתת הצדפים. רגע לפני שנטמן בעפר ובאדמה, לונה סוגרת בפעם האחרונה את עיניו של הגמדון, נושאת הספד לזכרו ומודה לו על שהציל את חייה.
לונה נשארת בבקתה לשארית החגים. בזמן שהותה, היא מתרגלת את השימוש בשרביט החדש שהכין לה אדון אוליבנדר ומפתחת קשרי ידידות עם דין תומאס. לא ידוע מה עשתה לונה כאשר הארי, רון והרמיוני פורצים לגרינגוטס, אולם היא חזרה להוגוורטס במאי, כאשר נוויל אותת לה באמצעות המטבעות המכושפים שהוא זקוק לעזרתה.

הקרב על הוגוורטס
כאשר השלישייה שואלת את חברי צבא דמבלדור על הפריט האחרון שהיה שייך לאחד מהמייסדים והפך כנראה להורקרוקס, לונה מזכירה את העטרת האבודה של רוונה רייבנקלו. היא לוקחת את הארי לחדר המועדון של בית רייבנקלו כדי להראות לו את פסל השיש של רוונה, עליו מוצגת העטרת האבודה. בכניסה לחדר המועדון, כאשר מקוש ארד שלובש צורת נשר שואל אותה "מה בא קודם, עוף החול או האש?" כאישור להיותה שייכת לבית רייבנקלו, לונה עונה בחוכמה "אני חושבת שהתשובה הנכונה היא שלמעגל אין התחלה או סוף."
שם, היא המומה לפגוש אלקטרו קארו, שחיכתה להם על-פי הנחייתו של הלורד וולדמורט. יחד עם הארי, היא נוכחת במקום כאשר פרופסור מקגונגל, פרופסור פליטיק ופרופסור ספראוט מסלקים של סוורוס סנייפ מהטירה.
בשלב מסוים, היא, ארני מקמילן ושיימוס פיניגן עוזרים להארי, לרון ולהרמיוני לגבור על קבוצה של סוהרסנים. לונה עוזרת להארי לחשוב על משהו משמח, שמאפשר לו לזמן אף הוא את הפטרונוס שלו. מאוחר יותר, לקראת סוף הקרב, לונה לוחמת בבלטריקס ליסטריינג' לצידן של הרמיוני גריינג'ר וג'יני וויזלי. כאשר קללה ממיתה משרביטה של בלטריקס כמעט פוגעת בג'יני, מולי נכנסת לתמונה והורגת את אוכלת המוות.

מותש ובאפיסת כוחות, הארי מצא את עצמו יושב על ספסל ליד לונה.
"אילו הייתי במקומך, הייתי רוצה קצת שקט ושלווה," היא אמרה.
"אני משתוקק לזה," הוא השיב.
"אני אסיח את דעתם," היא הציעה. "תשתמש בגלימה שלך." ולפני שהצליח להגיד מילה, היא קראה "אווו, כולם, תראו, הַמְדִינְגֶר מבַרבֵּר!" והצביעה על החלון. כל מי ששמע הסתובב להביט, והארי התעטף בגלימה וקם.

לונה חזתה בתבוסה הסופית של הלורד וולדמורט, והייתה אחת מהראשונים שבירכו את הארי.

המשך חייה
לאחר שעזבה את בית הספר, לונה הפכה לחוקרת טבע מפורסמת. היא סיירה ברחבי העולם כדי למצוא חיות קסומות. היא הצליחה למצוא מינים רבים שאיש לא נתקל בהם קודם, אך לא הצליחה למצוא את השנורקק פחוס הקרן, ונאלצה להשלים עם העובדה שהיצור הוא למעשה פרי דמיונו של אביה.
לילי לונה פוטר הוא שמה של ביתם הקטנה (נולדה בין שנת 2008 לשנת 2009) של הארי פוטר וג'יני וויזלי, מה שמדגיש את היחסים הקרובים ואת רגשות האהדה שחשו השניים כלפי לונה.
בשלב מאוחר יותר בחייה, לונה מתחתנת עם רולף סלמנדרה, הנכד של מחבר הספר "חיות הפלא והיכן למצוא אותן" (ניוט סלמנדרה). כמה שנים לאחר שחבריה לצבא דמבלדור מביאים את ילדיהם לעולם, לשניים נולדו תאומים זכרים.

יכולות קסם ומיומנויות
כשמלאו 14 שנים להיוולדה, לונה השתתפה בקרב שהתקיים במשרד הקסמים, ממנו נפגעה באופן קל מאד. היא לחמה באומץ בקרב על הוגוורטס ונשארה בחיים, למרות העובדה שלחמה בקוסמים ובמכשפות גדולים, מיומנים וחזקים ממנה.
בשנתה הרביעית ובמסגרת לימודי צבא דמבלדור, לונה למדה כיצד להפיק צורת פטרונוס גשמית, וזאת האחרונה לבשה צורת ארנב.
בקרב תלמידי הוגוורטס, היא נודעת בשל כישוריה המרשימים בהטלת כישופים על עצמים דוממים ועיצובם כרצונה, כדוגמאת כובע האריה שחבשה בעת אחד ממשחקי הקווידיץ' של גריפינדור וכובע נושא נשר שמנופף בכנפיו.
זמן קצר לפני הקרב על הוגוורטס בשנת 1998, לונה מלווה את הארי פוטר אל חדר המועדון של רייבנקלו, שם נתקלים השניים באלקטרו קארו. לונה משתקת אותה ללא מאמץ בעזרת קסם מילולי.

בסדרת סרטי הארי פוטר, השחקנית המגלמת את דמותה של לונה לאבגוד היא אוונה לינץ'.